Grupi Ndërinstitucional i Punës kryesohet nga një zëvendës ministër ose Sekretari i Përgjithshëm i ministrisë përgjegjëse në varësi të fushës së kompetencës dhe lidhjes së saj me kapitullin përkatës të acquis të Bashkimit Evropian, apo përfaqësuesi i institucionit të pavarur, kur fusha e kompetencës për kapitullin e caktuar të acquis i takon një institucioni të pavarur. Kryetari i secilit Grup Ndërinstitucional të Punës administron grupin e punës në përputhje me kërkesat e anëtarit të Grupit Negociator përgjegjës për negociatat për kapitullin në fjalë. Kryetari dhe anëtarët e secilit prej Grupeve Ndërinstitucionale të Punës emërohen me Urdhër të Kryeministrit, me propozim të ministrave apo drejtuesve të institucioneve të pavarura përgjegjëse.
Kryetarët e Grupeve Ndërinstitucionale të Punës organizojnëKomitetin Teknik të Grupeve Ndërinstitucionale të Punës, i cili shërben kryesisht si forum për diskutimin dhe zgjidhjen dhe mosmarrëveshjeve mes Grupeve Ndërinstitucionale të Punës.