Struktura organizative e INSTAT-it propozohet nga Këshilli i Statistikave dhe miratohet me urdhër të posaçëm të Kryeministrit. Numri i përgjithshëm i punonjësve të INSTAT-it (duke përfshirë Drejtoritë Statistikore në rrethe) miratohet çdo vit nga Këshilli i Ministrave. Rekrutimi i stafit të INSTAT duhet të bëhet në përputhje me rregullat e përcaktuara në ligjin "Statusi i nëpunësve civil" nr. 8549, datë 11.11.1999.